Czyszczenie ekspresu do kawy dzielimy na codzienne i okresowe. Codziennie opróżniaj tackę ociekową i pojemnik na fusy, przemywaj zewnętrzne elementy oraz system spieniania mleka po każdym użyciu. Okresowo, co najmniej raz w tygodniu, myj ręcznie pojemnik na wodę, zbiornik na fusy i sitko filtra. Blok zaparzający należy myć ciepłą wodą, bez detergentów, a systemy mleczne odtłuszczać specjalnymi preparatami. Regularne czyszczenie zapobiega powstawaniu pleśni, osadów i awariom.
W codziennym czyszczeniu ekspresu pomocne są specjalne szczoteczki i miękkie ściereczki, które pozwalają dotrzeć do trudno dostępnych miejsc. W przypadku ekspresów automatycznych warto korzystać z programów automatycznego płukania, które uruchamiają się po włączeniu lub wyłączeniu urządzenia. Przynajmniej raz w tygodniu należy dokładnie umyć wszystkie wyjmowane elementy pod bieżącą wodą, a raz na miesiąc – dokładnie oczyścić wnętrze ekspresu, usuwając ewentualne osady z kawy.
W przypadku ekspresów z systemem mlecznym, szczególną uwagę należy zwrócić na rurki i końcówki mające kontakt z mlekiem – nawet niewielkie ilości pozostawionego mleka mogą prowadzić do zatkania układu i rozwoju bakterii. Warto także pamiętać o regularnym czyszczeniu młynka do kawy – nagromadzone resztki mogą wpływać na smak naparu i prowadzić do awarii.